甲公司有关会计处理如下：
2016年度甲公司应分担投资损失＝5000×40％＝2000（万元）>长期股权投资的账面价值1500万元，首先，冲减长期股权投资的账面价值：
借：投资收益　　　　　　　1500
　　贷：长期股权投资——损益调整1500
其次，因甲公司账上有应收乙公司长期应收款350万元，且甲公司需要承担乙公司额外损失弥补义务100万元，应进一步确认损失：
借：投资收益　　450
　　贷：长期应收款　350
　　　　预计负债　　100
2016年度甲公司应确认的投资损失＝1500＋450＝1950（万元）。
（长期股权投资和长期应收款的账面价值均减至0，还有未确认投资损失50万元备查登记）