1.因境外股东企业在中国境内会计账簿不健全，主管税务机关核定技术咨询指导劳务的利润率20%且指定该制药公司为其税款扣缴义务人。该制药公司应扣缴的企业所得税=120×20%×10%=2.4(万元);

　　应扣缴的增值税=120/(1+6%)×6%=6.79(万元);

　　应扣缴的城建税、教育费附加及地方教育附加=6.79×(7%+3%+2%)=0.81(万元)。

2.实际支付给残疾人的工资，可以在税前加计100%扣除，应纳税所得额调减40万元;

　　职工福利费扣除限额=1200×14%=168(万元)，实际发生额180万元，应纳税所得额调增180-168=12(万元);

　　工会经费扣除限额=1200×2%=24(万元)，实际拨缴额25万元，应纳税所得额调增25-24=1(万元);

　　职工教育经费扣除限额=1200×2.5%=30(万元)，实际发生额20万元，未超过扣除限额，据实扣除;

　　以前年度累计结转至本年度的职工教育经费未扣除额为5万元，准予在当年扣除，应纳税所得额调减5万元;

　　为投资者支付商业保险费10万元，不得在税前扣除，应调增应纳税所得额10万元。

　　业务(2)应调整的应纳所得额=12+1+10-40-5=-22(万元)。

3.非广告性赞助支出不得税前扣除，应调增应纳税所得额50万元;

　　销售(营业)收入=5500+400=5900(万元);

　　广告费扣除限额=5900×30%=1770(万元)，实际发生额800万元，未超过扣除限额，税前据实扣除;

　　业务招待费实际发生额的60%=60×60%=36(万元)，销售(营业)收入的5‰=5900×5‰=29.5(万元)，税前准予扣除的业务招待费29.5万元，业务(3)应调增应纳税所得额50+60-29.5=80.5(万元)。

4.研究开发费，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除。业务(4)应调减应纳税所得额=100×50%=50(万元)。

5.直接向某学校的捐款不属于公益性捐赠支出，不得在税前扣除，所以应调增应纳税所得额20万元;

　　当年的利润总额=5500+400+300-2800-300-210-420-550-900-180+120=960(万元);

　　公益性捐赠支出的扣除限额=960×12%=115.2(万元);实际发生额120万元，应调增应纳税所得额4.8万元;业务(4)应调增应纳税所得额24.8万元。

6.当年购污水处理设备并投入使用，准予按照设备投资额的10%抵扣应纳税额;应调减应纳税额=300/1.17×10%=25.64(万元);

　　从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第1年至第3年免征企业所得税，第4年至第6年减半征收企业所得税。处理公共污水应纳税调减=20-12=8(万元)。

7.投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回;相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得;其余部分确认为投资资产转让所得。相当于被投资企业累计盈余公积和累计未分配利润按减少实收资本比例计算的部分，这部分应确认为股息所得，是免税的。业务(7)应调减的应纳税所得税额10万元。

8.该制药公司2013年应纳税所得额=960-22+80.5-50+24.8-8-10=975.3(万元);

应缴纳的企业所得税=975.3×25%-25.64=218.19(万元)。