本题考查的是概念的关系。题目中，砚台包含端砚、洮砚、歙砚等，端砚是砚台的一种，因此二者的逻辑关系为真包含关系。D项中，钢笔是文具的一种，文具包含钢笔，二者的逻辑关系也是真包含关系，与题目中的概念关系相同。综上所述，D项正确。

A项，故宫位于北京，是北京的一个景点，二者属于地理位置上的真包含关系。与题干中的概念的关系不一致，排除。

B项，拉萨位于西藏，是西藏的省会，二者属于地理位置上的真包含于关系。与题干中的概念的关系不一致，排除。

C项，苹果是水果的一种，二者的逻辑关系是真包含于关系。与题干中的概念的关系不一致，排除。

因此，本题正确答案为D。