正确答案：
（1）违反了侦查权、检察权由专门机关行使的原则。对于本案应该由公安机关进行侦查，由检察机关进行起诉，但是公安局却将案件交由该厂保卫科侦查并起诉，这是严重违法的。关联知识点1
（2）违反了人民法院依法独立行使职权的原则。人民法院独立行使职权是刑事诉讼法的基本原则，其基本含义就是人民法院依法独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。而在本案中，县委书记却直接对案件的审理提出建议，干涉法院对案件的审理，而法院也最终听从了县委书记的建议，从而违反了人民法院依法独立行使职权的原则。关联知识点2
（3）违反了以事实为依据，以法律为准绳的原则。以法律为准绳，要求对一切公民在适用法律上一律平等，本案中人民法院以李某是副厂长，曾对该地区经济作出较大贡献，就对其减轻处罚，显然是违反这一原则的。
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