A项：说法正确，当选。代物清偿是指债务人以其他给付替代原有给付，从而使债权消灭。代物清偿的要件有三：（a）须有合法债务存在；（b）须以他种给付代替原来的给付；（c）清偿须与债权人达成协议。代物清偿是实践合同。在《协议一》中，甲公司与乙公司仅仅达成了以甲的建设用地使用权抵偿甲欠乙2000万元债务的协议，但并没有实际履行，所以甲、乙的代物清偿协议尚未生效，甲欠乙的2000万元债务没有消灭。

       B项：说法错误，不当选。《物权法》第9条规定：“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。”甲、乙虽然达成了移转建设用地使用权的协议，但甲一直未办理过户登记，该建设用地使用权仍然归甲所有。甲将该建设用地使用权抵押给银行的行为属于有权处分，而非无权处分。

       C项：说法错误，不当选。善意取得的前提是抵押人无权处分。由上可知，甲对该建设用地使用权是有权处分，银行不能善意取得（善意取得的前提是无权处分）。银行取得抵押权是因善意取得的说法错误。

       D项：说法错误，不当选。代为清偿是指在法律没有规定或当事人之间没有约定的情况下，第三人基于为债务人清偿的意思而向债权人进行清偿的行为。甲公司是用自己的建设用地使用权来清偿债务，不是代为清偿，而是代物清偿。