《企业内部控制应用指引第16号——合同管理》所称合同是指企业与自然人、法人及其他组织等平等主体之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。企业与职工签订的劳动合同，不适用本指引。选项A错误。

(1)企业对外发生经济行为，除即时结清方式外，还应当订立书面合同。选项B正确。

(2)企业应当根据协商、谈判等结果，拟订合同文本，按照自愿、公平原则，明确双方的权利义务和违约责任，做到条款内容完整，表述严谨准确，相关手续齐备，避免出现重大疏漏。选项C正确。

(3)企业应当按照规定的权限和程序与对方当事人签署合同。选项D正确。

综上，本题应选BCD。