李某作为全国人大代表的言论免责权受到了侵犯。宪法规定，全国人民代表大会代表在全国人民代表大会各 种会议上的发言和表决，不受法律追究，尽管李某在人大会议上的发言十分激烈，但是他是在行使其作为一个人大代表的职责，不应该因言获罪。
李某作为全国人大代表的人身特别保障权受到了侵犯。宪法规定，全国人民代表大会代表，非经全国人民代 表大会会议主席团，在全国人民代表大会闭会期间非经全国人民代表大会常务委员会的许可，不受逮捕或者刑事审判，该市公安机关未经全国人大主席团同意，直接逮捕李某，显然违反了宪法，侵犯了李某作为全国人大代表的合法权利。
李某作为公民的通信自由和通信秘密受到了侵犯。宪法规定，公民的通信自由和通信秘密受法律的保护；除 因国家安全或者追查刑事犯罪的需要，由公安机关或者监察机关依照法律规定的程序对通信进行检查外，任何组织和个人不得以任何理由侵犯公民的通信自由和通信秘密，该市领导令秘书对李某的通讯往来“密切监控”，其本身不是公安机关或者检察机关人员，也并非出于国家安全或者侦查刑事犯罪需要，故而违反了宪法的规定。