该酒厂财务人员申报增值税时存在下列问题：

①运输途中因保管不善丢失的3%的原材料的进项税额不得抵扣。根据规定，因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失，不得抵扣进项税额。

②外购机器设备时支付的运费未抵扣进项税额。根据规定，外购固定资产时支付的运费，可以按照增值税专用发票上注明的增值税税额进行抵扣。

③购进自用小汽车未抵扣进项税额。根据规定，自2013年8月1日起，纳税人购进自用的应征消费税的小汽车、摩托车、游艇，其进项税额可以抵扣。

④职工食堂领用以前月份购进的已经抵扣进项税额的材料未作进项税额转出处理。根据规定，用于集体福利的购进货物的进项税额，不得抵扣；已经抵扣的，应作进项税额转出处理。

⑤采取分期收款方式销售货物不应按照实际收到的款项计算当期销项税额。根据规定，以分期收款方式销售货物的，增值税的纳税义务发生时间为书面合同约定的收款日期的当天；无书面合同的或者书面合同没有约定收款日期的，为货物发出的当天。

⑥销售白酒收取的优质费未作为价外费用计算缴纳增值税。根据规定，优质费属于价外费用，应当并入销售额计征增值税。

⑦销售果酒收取的包装物押金未计入当期销售额计算缴纳增值税。根据规定，对销售除“啤酒、黄酒”外的其他酒类产品而收取的包装物押金，无论是否返还以及会计上如何核算，均应并入当期销售额中征收增值税。