在汇算清缴企业所得税时存在的不合法之处：

①连续持有境内上市公司股票不足12个月取得的股息、红利等权益性投资收益100万元，不属于免税收入。该企业财务人员将其调减应纳税所得额，不合法。

②企业购置并实际使用的安全生产专用设备，该专用设备投资额的10%可以从企业当年的应纳税额中抵免，而不是从应纳税所得额中抵免。

③新技术研发费用未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，再按照研究开发费用的50%加计扣除，研究开发费用应调减应纳税所得额=100×50%=50（万元）。

④银行罚息20万元允许在税前扣除，无需调增应纳税所得额。86

⑤实际拨缴的工会经费未超过扣除限额，可以据实扣除，无需调整应纳税所得额。此外，软件生产企业发生的职工教育经费中的职工培训费4万元，可以全额在税前扣除。因此，三项经费应调增应纳税所得额=(35-28)+（10-4-5）=8（万元）o

⑥未减半征收企业所得税不合法。根据规定，我国境内新办的符合条件的软件企业经认定后，在2017年12月31日前自获利年度起，第1年和第2年免征企业所得税，第3年至第5年按25%的法定税率减半征收企业所得税。该软件生产企业2013年经过认定并获利，2016年应减半征收企业所得税。