行政管理机构设置的程序是指依法设置行政管理机构的方法和步骤。行政管理机构设置的程序主要有如下几个基本环节：
   (1)提出行政管理机构设置的理由，并设计出初步方案。要设置行政管理机构，政府或政府的机构编制部门必须提出充分的理由。然后，在调查研究和广泛征求意见的基础上，就行政管理机构的设立或者变更、撤销或者合并提出具体的方案。
   (2)对行政管理机构设置方案的评估和论证。对于政府或政府机构编制部门提出的行政
管理机构设置方案必须组织专家与相关人员进行充分评估和论证，在充分听取各方意见之后，还要进行必要的修改，甚至有时还得推倒重来。
   (3)对行政管理机构设置方案的批准。行政管理机构的设置方案提出并经评估、论证后，还越须提交有批准权的机关予以批准，这是一个必不可少的程序。一般来说，批准机关有立法机关和上级行政机关。
   (4)对行政管理机构设置方案的落实与实施。行政管理机构设置方案的实施，由中央政府和地方政府负责。中央行政管理机构的设置，由中央政府负责落实；地方政府行政管理机构设置方案的实施，由相应的地方政府负责落实。但中央政府有责任领导和监督地方政府实施其行政管理机构设置方案的实施工作。