ABD项：符合题意，当选；C项：不符合题意，不当选。本题考查的是刑事诉讼法的价值之一—独立价值。刑事诉讼法既有保障刑法实施的工具价值，又具有独立价值。刑事诉讼法的独立价值，是指刑事诉讼法本身直接体现出来的民主、法治、人权和文明的精神，它不依附于实现刑法内容实施而存在，即与查明案件事实真相没有关系，且具有影响刑法实现的功能。A选项中通过程序上达成刑事和解影响了法院在量刑上的实体处理，体现了刑事诉讼法的独立价值，当选；B选项中因为口供被排除而导致检察院作出不起诉的决定，使案件终结，不能达到审判阶段，法院无法作出实体处理，体现了刑事诉讼法的独立价值，当选；C选项中对于已超过追诉期限的案件不予立案也体现了刑事诉讼法的独立价值，但是选项中主体是侦查机关而不是立案机关，也就是说案件处于侦查阶段。对于侦查阶段发现已超过追诉期限的案件处理方式应为撤销案件，C选项不正确，不当选；D选项中，为了打消被告人上诉的顾虑，法律规定了只有被告人一方上诉的案件，哪怕原判刑罚错误，二审法院判决时也不得加重被告人的刑罚，这直接影响刑法内容的实现，但体现了刑事诉讼法的独立价值，当选。