本题考查了国家专门机关中监狱的职权。
A项:说法错误,不当选。《高检规则》第8条的规定,人民检察院立案侦查贪污贿赂犯罪、国家工作人员的渎职犯罪、国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪案件。国家机关工作人员利用职权实施的侵犯公民人身权利和民主权利的犯罪案件包括:非法拘禁案、非法搜查案、刑讯逼供案、暴力取证案、虐待被监管人案、报复陷害案、破坏选举案。选项A中监狱监管人员指使被监管人体罚虐待其他被监管人属于虐待被监管人案,应当由人民检察院进行侦查。
B项:说法错误,不当选。《刑事诉讼法》第290条的规定,对罪犯在监狱内犯罪的案件由监狱进行侦查。据此,监狱只负责侦查罪犯在监狱内的犯罪,对于罪犯在被发现判决是所没有发现的罪行,因为不是在监狱内的犯罪,不能由监狱进行侦查,对于该犯罪,只能移交有管辖权的机关进行侦查,而不能由监狱一并侦查。
C项:说法错误,不当选。《刑事诉讼法》第254条的规定,在交付执行前,暂予监外执行由交付执行的人民法院决定;在交付执行后,暂予监外执行由监狱或者看守所提出书面意见,报省级以上监狱管理机关或者设区的市一级以上公安机关批准。
D项:说法正确,当选。《刑事诉讼法》第262条的规定,被判处管制、拘役、有期徒刑或者无期徒刑的罪犯,在执行期间确有悔改或者立功表现,应当依法予以减刑、假释的时候,由执行机关提出建议书,报请人民法院审核裁定。