D项：符合题意，当选；ABC项：不符合题意，不当选。《环境影响评价法》第23条规定:“国务院环境保护行政主管部门负责审批下列建设项目的环境影响评价文件：（一）核设施、绝密工程等特殊性质的建设项目；（二）跨省、自治区、直辖市行政区域的建设项目；（三）由国务院审批的或者由国务院授权有关部门审批的建设项目。前款规定以外的建设项目的环境影响评价文件的审批权限，由省、自治区、直辖市人民政府规定。建设项目可能造成跨行政区域的不良环境影响，有关环境保护行政主管部门对该项目的环境影响评价结论有争议的，其环境影响评价文件由共同的上一级环境保护行政主管部门审批。”据此可知，该省的建设项目可能造成跨行政区域的不良环境影响，且A、B两市环境保护行政主管部门对建设药厂的环境影响评价结论存在争议，因此，该环境影响评价报告书需要由A、B两市的共同上一级环境保护行政主管部门审批，即由省环境保护行政主管部门审批。